Dưới thời Choibalsan, nhiều cuộc thanh trừng kẻ thù của nhân dân đã diễn ra. Trọng tâm của các hành động này là các nhân vật tôn giáo, tầng lớp quý tộc cũ và những người bất đồng chính trị. Ước tính số người bị giết khá khác biệt, nhưng thường là một con số đáng kể. Một ước tính cho thấy có khoảng 30.000-35.000 bị giết, phần lớn là lạt-ma bị giết trong thời kỳ 1921–41, hầu hết là vào cuối thập kỉ 1930.[1] Choibalsan cũng trở thành trung tâm của một mô hình sùng bái cá nhân tương tự như Stalin. Ví dụ, Núi Bogd Khan (tên vị vua Mông Cổ cuối cùng) được đổi sang tên ông từ thập niên 1950.